一、菌肥保質(zhì)有期限
大部分菌肥必須保存在低溫（最適溫度4℃～10℃）、陰涼、通風(fēng)、避光處，以免失效。有的菌種需要特定的溫度范圍，如哈茨木霉菌需要保存在2℃～8℃的恒溫箱內(nèi)，這類(lèi)菌肥的有效期通常只有一年；一些芽孢桿菌肥的保質(zhì)期與生產(chǎn)工藝水平高低有關(guān)，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平不高的達(dá)不到半年就失效，所以菜農(nóng)應(yīng)謹(jǐn)慎選擇菌肥產(chǎn)品及其保存環(huán)境。
即便是微生物菌肥所含菌種數(shù)量很高，因?yàn)榫N活性是有一定時(shí)間限制的，一般超過(guò)兩年的生物菌肥要慎重選擇。
二、菌肥最好不要沖施
施用微生物菌肥的時(shí)候，基施可用方法有撒施、溝施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分以穴施效果更佳。不建議沖施生物菌肥，這樣效果不佳，但是可以灌根，主要針對(duì)液體生物菌肥。
三、避免導(dǎo)致菌種死亡
微生物菌肥施用過(guò)程中應(yīng)避免陽(yáng)光直射；蘸根時(shí)加水要適量，使根系完全吸附。蘸根后要及時(shí)定植、覆土，且不可與農(nóng)藥、化肥混合施用，特別是現(xiàn)在很多菜農(nóng)為防治根莖部病害，采用農(nóng)藥灌根，如多菌靈、惡霉靈、硫酸銅等藥劑，對(duì)防治真菌、細(xì)菌都有效，但對(duì)菌肥中的有益菌也有殺滅作用，所以建議使用菌肥后不要再用農(nóng)藥灌根。
四、創(chuàng)造菌種適繁環(huán)境
菌肥中的菌種只有經(jīng)過(guò)大量繁殖，在土壤中形成規(guī)模后才能有效體現(xiàn)出菌肥的功能。為了讓菌種盡快繁殖，就要給其提供合適的環(huán)境。一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果較差，如硅酸鹽細(xì)菌需要在pH7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加強(qiáng)微生物的活動(dòng)。
微生物生長(zhǎng)需要足夠的水分，但水分過(guò)多又會(huì)造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動(dòng)，因此，必須注意及時(shí)排灌，以保持土壤中適量的水分。微生物菌肥中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細(xì)菌等。因此，施用菌肥必須配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
五、菌肥必須投入充足有機(jī)肥
有機(jī)質(zhì)是微生物的主要能源，有機(jī)質(zhì)分解還能供應(yīng)微生物養(yǎng)分。因此，施用微生物肥料時(shí)必須配合施用有機(jī)肥料，所以菜農(nóng)在施用菌肥時(shí)應(yīng)與糞肥等有機(jī)肥一起施用，不但可加快有機(jī)肥的腐熟速度，而且能促進(jìn)菌群的形成，提供菌肥的肥效。